Se ha escrito mucho acerca de un grupo de bacterias acuáticas en particular: las nitrificantes.

Los nitrosomas y nitrobacterias han sido reconocidos por su importancia en el proceso llamado filtración biológica.

Cada aficionado a los acuarios debe comprender profundamente el proceso de filtración biológica. En breve, este importante ciclo ecológico es el siguiente: el amonio excretado por los peces e invertebrados es convertido primero en nitritos y luego en nitratos mediante actividades metabólicas de bacteria nitrificadora. El amonio y los nitritos son altamente tóxicos para los organismos acuáticos, mientras que los nitratos lo son mucho menos.

La filtración biológica consume oxígeno y produce compuestos ácidos como un producto resultante. Estos dos factores son importantes sobre la calidad del agua del acuario. Estas conversiones químicas son mediadas por nitrosomas y nitrobacterias y unos pocos otros tipos, colectivamente llamadas bacterias nitrificantes.